在新冠肺炎疫情中，复星医药因为较早押注于mRNA疫苗技术而备受关注。它在2020年1月首次与德国的BioNTech公司接触，六周后就获得了在中国内地及港澳台地区独家开发和商业化后者mRNA疫苗的授权。截至2022年2月末，双方合作开发的新冠疫苗复必泰在港澳台地区已经累计接种超2,000万剂，助力这些地区建立新冠免疫屏障。2021年，复星医药在慢性病领域服务患者1,600万人，注射用青蒿琥酯挽救重症疟疾患者超4,800万人，一线抗结核药物帮助结核病患超1,500万例。