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关于印度的新冠病毒变种,为什么我们知之甚少?

关于印度的新冠病毒变种,为什么我们知之甚少?

Biman Mukherji 2021年05月11日
目前,印度缺乏基因组序列数据,这意味着人们还没有完全了解该国的变异病毒。而这种情况对印度以及世界各地出现变异病毒的国家来说,都是很大的风险。

由于印度的医院床位、医疗设备和疫苗供应不足,因而导致该国陷入了第二波新冠疫情爆发的泥沼。除了上述三个因素,印度同样缺乏的还有病毒基因组测序的设备——这些设备可以更好地帮助科学家了解病毒在人与人之间传播的方式,以便量身定制疗法及疫苗,并阻止进一步传播的发生。

病毒的基因密码就像一本说明书,不断地更新,不断地提高病毒的生存几率。当一种病毒发生数千次变异时,就会出现一些更容易感染人类,或更容易引起重症的毒株。对这种病毒的基因组进行测序,有助于科学家们确定是什么使新毒株变得更“难缠”。

目前,已经有人担心在印度传播的病毒是由英国或南非的毒株进化而来的,且比其他版本的新冠病毒更具传染性。印度当前的疫情非常严重——在目前全球报告的新冠病例中,有一半来自印度。5月8日,世界卫生组织(World Health Organization)的首席科学家苏米亚·斯瓦米纳坦在接受法新社(AFP)采访时警告说:“我们今天在印度看到的流行病学特征表明,这的确是一种传播极其迅速的变种。”

但塔塔纪念中心(Tata Memorial Center)的ACTREC诊断部门的首席研究员阿米特·杜特指出,印度缺乏基因组序列数据,意味着人们还没有完全了解印度的变异病毒。科学界目前尚不确定,新毒株是传播得更快,还是更能够避开人体免疫系统——这对印度以及世界各地出现变异病毒的国家来说,都是很大的风险。

去年12月,印度政府确定了一个名为印度SARS-CoV-2基因组学联盟(Indian SARS-CoV-2 Genomics Consortium)的10个实验室网络,以支持全国各地的基因组测序。但是,工作进展比较缓慢。提供新冠病毒数据获取途径的全球科学倡议组织Gisaid表示,在全球完成测序的140万个样本中,印度完成了其中的11047个。科学家建议所有样本中有5%进行基因组定位(基因组定位类似于测序,但不及测序详细)。但位于新德里的恒河公羊医院(Sir Ganga Ram Hospital)的微创、代谢和减肥外科研究所(Institute of Minimal Access, Metabolic, and Bariatric Surgery)的主席苏迪尔·卡尔汉称,目前在印度,进行了基因组定位的阳性病例甚至不到0.05%。

Bharat Serums & Vaccines公司的董事总经理兼首席执行官桑吉夫·纳万古尔将印度测序数目不足归咎于实验室网络资金的缺乏。在由《连线》杂志(The Wire)发布的、一封给印度财政部部长尼尔马拉·西塔拉曼的信中,一位前政府高级官员EA·萨尔马写道,印度已经为这些实验室划拨了11.5亿卢比(1500万美元)的资金,但是第一笔价值8亿卢比(1081万美元)的资金直到3月底才发放。

纳万古尔说:“在疫情中,走在前沿很重要。这需要我们充分地了解病毒。”他表示,到目前为止,印度本应已经完成250万到500万个样本的测序工作。

医生和科学家们指出,其他国家在基因组测序方面也落后了,但印度是其中最严重的一个国家。卡尔汉说,美国和英国在第一波疫情时被打了个措手不及,但随后,这两个国家通过分析和基因组图谱建立了防御体系。

纳万古尔表示,程序繁琐是印度在基因组测序方面落后的另一个原因。科学家们很难从印度医学研究理事会(Indian Council of Medical Research)获得新冠病毒样本的数据,该理事会是印度制定、协调和促进生物医学研究的最高机构。

纳万古尔称,这些数据本应是开源的,可以被广泛共享,帮助产出更好的预防措施和治疗。“这场疫情比一场世界大战还壮大。每天都有越来越多的人死于新冠病毒,我们急需一个全员参与的紧急方案。”他说,“我们要一起想办法解决它。”

由于印度是世界上最大的疫苗生产商,基因组测序的缺乏对印度来说也是一个错失的商机。纳万古尔称,如果能够很好地掌握病毒突变的情况,像巴拉特生物技术公司(Bharat Biotech)和印度血清研究所(Serum Institute of India)这样的疫苗巨头就可以更新新冠疫苗,以跟上病毒的变化。“如果我们未能跟上,就会错失良机。”他补充说。

目前,在印度使用的两种疫苗——阿斯利康(AstraZeneca)的印度血清研究所Covishield版本的疫苗、巴拉特生物技术公司的Covaxin疫苗——已经被证明有效。但随着时间的推移,这两种疫苗也可能会失去效力,除非它们可以跟上新病毒的特征。

“如果疫苗A被证明对一个地区的主要变种的有效性降低,那么只有基因组监测才能够帮助改变疫苗,使疫苗接种项目更适合该地区。”杜特说,“更新后的疫苗不会完全改变或是出现明显的差别,但会更加针对病毒表面的一些额外的突变蛋白。”

全球医疗科技公司Indegene的执行副总裁及联合创始人桑贾伊·帕里克说,更多的数据、对不断变化的病毒的更好理解,将使印度的制药公司对其产品的需求有更大的把握,从而对投资未来发展更有信心。如果没有这种洞察力,“我们会低估疾病的发病率,在规划资源、供应、分配和文化方面状况百出”。

“这场疫情引出的一个问题是,可靠数据的缺乏,以及以数据为驱动、以证据为基础的医疗保健生态系统和文化的缺乏。”他说,“这一点在印度表现得最为明显。”(财富中文网)

编译:杨二一

由于印度的医院床位、医疗设备和疫苗供应不足,因而导致该国陷入了第二波新冠疫情爆发的泥沼。除了上述三个因素,印度同样缺乏的还有病毒基因组测序的设备——这些设备可以更好地帮助科学家了解病毒在人与人之间传播的方式,以便量身定制疗法及疫苗,并阻止进一步传播的发生。

病毒的基因密码就像一本说明书,不断地更新,不断地提高病毒的生存几率。当一种病毒发生数千次变异时,就会出现一些更容易感染人类,或更容易引起重症的毒株。对这种病毒的基因组进行测序,有助于科学家们确定是什么使新毒株变得更“难缠”。

目前,已经有人担心在印度传播的病毒是由英国或南非的毒株进化而来的,且比其他版本的新冠病毒更具传染性。印度当前的疫情非常严重——在目前全球报告的新冠病例中,有一半来自印度。5月8日,世界卫生组织(World Health Organization)的首席科学家苏米亚·斯瓦米纳坦在接受法新社(AFP)采访时警告说:“我们今天在印度看到的流行病学特征表明,这的确是一种传播极其迅速的变种。”

但塔塔纪念中心(Tata Memorial Center)的ACTREC诊断部门的首席研究员阿米特·杜特指出,印度缺乏基因组序列数据,意味着人们还没有完全了解印度的变异病毒。科学界目前尚不确定,新毒株是传播得更快,还是更能够避开人体免疫系统——这对印度以及世界各地出现变异病毒的国家来说,都是很大的风险。

去年12月,印度政府确定了一个名为印度SARS-CoV-2基因组学联盟(Indian SARS-CoV-2 Genomics Consortium)的10个实验室网络,以支持全国各地的基因组测序。但是,工作进展比较缓慢。提供新冠病毒数据获取途径的全球科学倡议组织Gisaid表示,在全球完成测序的140万个样本中,印度完成了其中的11047个。科学家建议所有样本中有5%进行基因组定位(基因组定位类似于测序,但不及测序详细)。但位于新德里的恒河公羊医院(Sir Ganga Ram Hospital)的微创、代谢和减肥外科研究所(Institute of Minimal Access, Metabolic, and Bariatric Surgery)的主席苏迪尔·卡尔汉称,目前在印度,进行了基因组定位的阳性病例甚至不到0.05%。

Bharat Serums & Vaccines公司的董事总经理兼首席执行官桑吉夫·纳万古尔将印度测序数目不足归咎于实验室网络资金的缺乏。在由《连线》杂志(The Wire)发布的、一封给印度财政部部长尼尔马拉·西塔拉曼的信中,一位前政府高级官员EA·萨尔马写道,印度已经为这些实验室划拨了11.5亿卢比(1500万美元)的资金,但是第一笔价值8亿卢比(1081万美元)的资金直到3月底才发放。

纳万古尔说:“在疫情中,走在前沿很重要。这需要我们充分地了解病毒。”他表示,到目前为止,印度本应已经完成250万到500万个样本的测序工作。

医生和科学家们指出,其他国家在基因组测序方面也落后了,但印度是其中最严重的一个国家。卡尔汉说,美国和英国在第一波疫情时被打了个措手不及,但随后,这两个国家通过分析和基因组图谱建立了防御体系。

纳万古尔表示,程序繁琐是印度在基因组测序方面落后的另一个原因。科学家们很难从印度医学研究理事会(Indian Council of Medical Research)获得新冠病毒样本的数据,该理事会是印度制定、协调和促进生物医学研究的最高机构。

纳万古尔称,这些数据本应是开源的,可以被广泛共享,帮助产出更好的预防措施和治疗。“这场疫情比一场世界大战还壮大。每天都有越来越多的人死于新冠病毒,我们急需一个全员参与的紧急方案。”他说,“我们要一起想办法解决它。”

由于印度是世界上最大的疫苗生产商,基因组测序的缺乏对印度来说也是一个错失的商机。纳万古尔称,如果能够很好地掌握病毒突变的情况,像巴拉特生物技术公司(Bharat Biotech)和印度血清研究所(Serum Institute of India)这样的疫苗巨头就可以更新新冠疫苗,以跟上病毒的变化。“如果我们未能跟上,就会错失良机。”他补充说。

目前,在印度使用的两种疫苗——阿斯利康(AstraZeneca)的印度血清研究所Covishield版本的疫苗、巴拉特生物技术公司的Covaxin疫苗——已经被证明有效。但随着时间的推移,这两种疫苗也可能会失去效力,除非它们可以跟上新病毒的特征。

“如果疫苗A被证明对一个地区的主要变种的有效性降低,那么只有基因组监测才能够帮助改变疫苗,使疫苗接种项目更适合该地区。”杜特说,“更新后的疫苗不会完全改变或是出现明显的差别,但会更加针对病毒表面的一些额外的突变蛋白。”

全球医疗科技公司Indegene的执行副总裁及联合创始人桑贾伊·帕里克说,更多的数据、对不断变化的病毒的更好理解,将使印度的制药公司对其产品的需求有更大的把握,从而对投资未来发展更有信心。如果没有这种洞察力,“我们会低估疾病的发病率,在规划资源、供应、分配和文化方面状况百出”。

“这场疫情引出的一个问题是,可靠数据的缺乏,以及以数据为驱动、以证据为基础的医疗保健生态系统和文化的缺乏。”他说,“这一点在印度表现得最为明显。”(财富中文网)

编译:杨二一

India’s low supply of hospital beds, medical equipment, and vaccines is handicapping the country’s ability to contain a second devastating wave of COVID-19. So too is another shortage: India’s paucity of facilities to sequence the virus’s genome, a process that would help scientists understand how the virus is jumping from person to person and how to tailor treatments and vaccines to stop further spread.

The genetic code of the virus works like an instruction manual, which keeps updating to improve the virus’s chances of survival. When a virus mutates thousands of times, a few strains emerge that are better at infecting humans or causing serious symptoms. Sequencing the virus’s genome helps scientists determine what makes new strains more efficient enemies.

There’s already concern that the virus spreading in India evolved from British or South African lineages of the virus and is more infectious than other versions of COVID. India’s current wave is so massive that COVID infections in the country now account for every second case reported around the world. In an interview with AFP, the World Health Organization’s top scientist Soumya Swaminathan on May 8 warned that “the epidemiological features that we see in India today do indicate that it’s an extremely rapidly spreading variant.”

But the country’s lack of genome sequence data means the Indian variant isn’t fully understood, says Amit Dutt, principal investigator at Tata Memorial Center’s ACTREC diagnostic division. The scientific community doesn’t know for certain whether it spreads faster or is better at evading the body’s immunity, posing a risk to India and to countries around the world that are now spotting the variant in their own communities.

Last December, the Indian government identified a network of 10 laboratories under the name Indian SARS-CoV-2 Genomics Consortium (Insacog) to bolster genome sequencing across the country, but the work has been slow. India has sequenced 11,047 of the 1.4 million samples sequenced worldwide, according to Gisaid, a global science initiative that provides access to coronavirus data. Scientists recommend that 5% of all samples undergo genome mapping (genome mapping is like sequencing, but less detailed). But presently not even 0.05% of positive cases in India undergo genome mapping, says Sudhir Kalhan, chairman of the Institute of Minimal Access, Metabolic, and Bariatric Surgery at New Delhi’s Sir Ganga Ram Hospital.

Sanjiv Navangul, managing director and CEO at Bharat Serums & Vaccines, blames India’s inadequate sequencing on the network of labs being starved for money. In a letter to Indian Finance Minister Nirmala Sitharaman that was published by The Wire, E.A. Sarma, a former senior bureaucrat in the government, wrote that India had earmarked INR 1.15 billion ($15 million) for the labs, but the first tranche of that funding, worth INR 800 million ($10.81 million), was only released at the end of March.

“Being ahead of the curve is important in a pandemic, and that can only happen when we understand how the virus is behaving,” said Navangul. By now India should have sequenced 2.5 million to 5 million samples to have a better understanding of the virus, he said.

Other countries have lagged behind on genome sequencing too, but India is one of the worst offenders, say doctors and scientists. The U.S. and the U.K. were caught off guard by the first wave of the pandemic, but they subsequently built up their defenses with analysis and genome mapping, says Kalhan.

Navangul says red tape is another reason India’s genome sequencing has fallen behind. It’s hard for scientists to obtain data on COVID samples from the Indian Council of Medical Research (ICMR), the top body in India for the formulation, coordination, and promotion of biomedical research.

Navangul says the data should be open source and widely shared to design better prevention measures and treatment. “The pandemic is considered bigger than a world war. It’s killing more people every day and…requires an approach that has to be all hands on deck,” he said. “Let us find ways to solve it.”

A dearth of genome sequencing is also a missed business opportunity for India, given its status as the world’s largest vaccine manufacturer. If it had a good grasp of the virus’s mutations, vaccine giants like Bharat Biotech and the Serum Institute of India could update COVID vaccines to keep up with the changing virus, Navangul said. “We will miss the bus if we don’t do this,” he added.

At the moment, the two vaccines being used in India, the Serum Institute’s Covishield version of the AstraZeneca jab and Bharat’s Covaxin, have proved effective, but over time they may lose their efficaciousness unless they keep pace with new virus features.

“If vaccine A is proven to be not so efficacious against the most predominant variant in a region, only genome surveillance can help change the vaccine and make the vaccination program more relevant to the region,” Dutt said. “The updated vaccine would not be a new or significantly different vaccine but may target a few additional mutant surface proteins of the virus.”

More data and a better understanding of the evolving virus would give Indian pharmaceutical companies more certainty about demand for their products and, as a result, more confidence to invest in future development, says Sanjay Parikh, executive vice president and cofounder of Indegene, a global health tech company. Without that insight, “we tend to underestimate the incidence of disease and are therefore so poor at planning resources, supply, distribution, and culture.

“The one thing that this pandemic has thrown up is the paucity of reliable data and the lack of a data-driven [and] evidence-based health care ecosystem and culture,” he said. “Nowhere is that more evident than in India itself.”

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